一般納稅人企業申請注銷稅務登記時，如果企業銷項稅金大于進項稅金，并且按注銷企業的有關政策規定交納增值稅后，企業還有存貨余額的，其存貨余額部分應按存貨的適用稅率計算補交已抵扣的稅款，因為存貨在當初購進時其進項稅金已作了抵扣，減少了當期應交稅金，既然現存貨已經退出了企業的經營活動，所以要對先期已抵扣的進項稅進行調整。
企業依法注銷同時取消增值稅一般納稅人資格，說明企業將不再存續，此時清算應注意，企業對所有的資產包括存貨是如何處理的，如果分配給股東或投資者，則應視同銷售；如果無償贈送他人，則應視同銷售；如果已沒有使用價值而廢棄或盤虧，應作非正常損失，作進項稅額轉出，補繳稅金。
1、公司注銷程序:成立清算組; (待定，看情況)
清算的步驟：
公司清算因清算的性質不同而分別適用不同的法律：
1、公司因破產而清算，適用《企業破產法》和《民事訴訟法》。
2、公司因非破產清算(是指公司自愿解散和被責令依法解散的情形)，適用《公司法》和《民事訴訟法》。
公司不論是何性質的清算，均應依下列步驟展開：
一、成立清算組。
二、展開清算工作。
清算組自成立之日起接管公司，開展以下業務：
1、接管公司財產;
2、了結公司未了業務;
3、收取債權、清理債務;
4、分配剩馀財產;
5、 注銷公司法人資格，吊銷營業執照。
三、通知債權人申報債權。
四、提出清算方案。
清算組在清理公司財產、編制資產負債表和財產清單后，擬提出清算方案，報股東會討論通過或者主管機關確認。
